廣義的來說，FPGA的配置包括直接使用下載電纜對FPGA器件進行編程、對外部EEPROM和FLASH進行編程、使用MPU對FPGA器件進行編程、外部EEPROM和FLASH對器件進行編程等。
FPGA器件配置方式分三大類：主動配置、被動配置和JTAG配置。
主動配置：由FPGA器件引導配置操作過程。
被動配置：由計算機或控制器控制配置過程。上電后，控制器件或主控器把存儲在外部存儲器中的數據送入FPGA器件內，配置完成之后將對器件I/O和寄存器進行初始化。初始化完成后，進入用戶模式，開始正常工作。
一旦設計者選定了FPGA系統的配置方式，需要將器件上的MSEL引腳設定為固定值，以指示當前所采用的配置方式。
常用的配置方式有：
PS配置(Passive Serial Configuration)：被動串行配置
AS配置(Active Serial Configuration)：主動串行配置
PPS配置(Passive Parallel Synchronous Configuration)：被動并行同步配置
FPP配置(Fast Passive Parallel Configuration)：快速被動并行配置
PPA配置(Passive Parallel Asynchronous Configuration)：被動并行異步配置
PSA配置(Passive Serial Asynchronous Configuration)：被動串行異步配置
JTAG配置(Joint Test Action Group Configuration)
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