依托于工控系統及安全的優勢，電子六所自主研制了智能制造系統的核心工業軟件——制造執行系統（MES），面向新能源、電子、軌道交通等行業提出系統化的數字化企業/車間解決方案。其主要研究方向為，面向離散行業的數字化車間/智能工廠系統體系架構技術和整體解決方案、數字化車間布局規劃與仿真技術、物流倉儲規劃仿真技術、基于OPC UA技術的工業物聯網絡技術、基于圖像識別的智能檢測技術、工業以太網通信技術、設備數據采集互聯技術、企業信息系統集成技術、智能工廠系統信息安全防護技術、智能工廠系統安全檢測技術等。
目前，電子六所聚焦工業類軟件產品，正在研制基于OPC UA的工業物聯平臺系統、面向多行業的平臺化制造執行系統MES、全國產化PLC、數采可信網關、可信審計系統、可信主機衛士等產品。
在新能源行業，電子六所具備燃料電池數字化生產線交鑰匙工程能力，包含設計、改造、實施、集成、交付、維護等全方位服務；與樂凱膠片、振華新云等單位聯合申報工信部智能制造專項項目，兩個項目均通過工信部《2017智能制造綜合標準化與新模式應用擬立項項目公式》，且獲得項目支持。
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